O EMS funciona como um conjunto de constituintes (núcleos e extensões) cujo aproveitamento museológico se destina ao cumprimento da missão e objectivos programáticos comuns, referentes ao território e à população do concelho do Seixal.
Dependem ou interagem entre si e têm por base de funcionamento a circulação e partilha de informação e a gestão integrada de serviços.

Os núcleos são sítios ou espaços de propriedade e tutela municipais, musealizados ou com aproveitamento museológico.

As extensões são sítios ou patrimónios integrados em espaços de tutelas mistas, com parcial aproveitamento museológico.

Núcleos

Núcleo Naval em Arrentela
Embarcações Tradicionais do Tejo
Núcleo da Mundet
Núcleo da Quinta da Trindade
Núcleo da Olaria Romana da Quinta do Rouxinol
Núcleo do Moinho de Maré de Corroios

Extensões

Extensão do Ecomuseu na antiga Fábrica de Pólvora de Vale de Milhaços
Extensão do Ecomuseu na Quinta de S. Pedro