O EMS corresponde à Divisão de Património Histórico e Natural da CMS. O Regulamento dos Serviços Municipais (publicado no Diário da República II Série, nº 103 – 4-5-1993, Artigo 82º) atribui-lhe, em síntese, as seguintes funções:

• promover o inventário, classificação, protecção, conservação e restauro do património histórico e natural do concelho;
• propor a reutilização e recuperação funcional de sítios, vestígios e testemunhos considerados de interesse;
• propor e coordenar acções e programas de investigação em áreas disciplinares da sua esfera de competências;
• emitir pareceres e apresentar projectos sobre matérias relacionadas com a preservação do património histórico e natural do concelho;
• propor e desenvolver acções e programas de informação e animação.

A DPHN é uma das Divisões do Departamento da Cultura, Educação, Desporto e Juventude da Câmara Municipal do Seixal.

De acordo com a Lei Quadro 47/2004, de 17 de Agosto – Lei Quadro dos Museus Portugueses – o Ecomuseu Municipal do Seixal dispõe de um regulamento e de uma política de incorporações aprovados pela Câmara Municipal do Seixal.

Para a utilização das três embarcações tradicionais que são acervo flutuante do EMS, existem Normas para Utilização das Embarcações Tradicionais específicas, em vigor desde 25 de Junho de 1999, após ter sido aprovado em Assembleia Municipal e publicado em edital nº 138-A, de 5 de Junho de 1999. Foi publicado em Diário da República nº 37, II série, Apêndice n.17, de 13 de Fevereiro de 1999 (pp. 97-99).

Para facilitar a utilização dos recursos e serviços do Centro de Documentação e Informação está disponível o respectivo Guia do Utilizador.