O acervo do EMS é constituído por património cultural imóvel, por património flutuante e por bens móveis - colecções arqueológicas, técnicas e industriais, artísticas e etnográficas e fundos documentais - na sua maioria provenientes do território do concelho.

De acordo com a Lei Quadro 47/2004, de 17 de Agosto – Lei Quadro dos Museus Portugueses – o Ecomuseu Municipal do Seixal dispõe de uma política de incorporações aprovada pela Câmara Municipal do Seixal.

Para além do acervo material, o Ecomuseu dinamiza um importante património imaterial ou incorpóreo, ao contribuir para a preservação e a transmissão de saber-fazer materializado no trabalho e nas actividades de moagem, de construção naval e de navegação tradicional, decorrentes de componentes como o moinho de maré conservado em funcionamento, a oficina de construção de modelos de barcos tradicionais do Tejo, os dois botes de fragata e o varino reutilizados como embarcações de recreio.

O EMS possui registo de entrada ou cadastro de perto de uma centena de milhar de objectos, dos quais ainda só uma percentagem reduzida têm um inventário desenvolvido, em suporte digital.

O alargamento do acervo do EMS dos últimos anos e as exigências duma gestão integrada de toda a informação gerada pelos processos de documentação, investigação e difusão dos bens museológicos, levaram à adopção para o sistema de documentação do EMS, de software de gestão de acervo museológico Mobydoc. A integração deste software, Micromusée, num sistema de informação partilhada, MUM, permite a utilização e a disponibilização de informação sobre o acervo museológico do EMS nas suas mais diversas vertentes, através do acesso em simultâneo à base de gestão de acervo, às bases bibliográfica e de imagem, Mobytext e Photo, em utilização no CDI e, à base de património imóvel, Archi.

No âmbito e com o apoio do Programa Operacional da Cultura, o EMS desenvolveu entre 2005 e 2007 o Projecto «Inventário Museológico e Digitalização de Colecções Fotográficas e Divulgação de Acervo Móvel e Imóvel do EMS». O projecto contemplou a digitalização e inventário de importantes colecções fotográficas, de acervo de património móvel e imóvel, proporcionando a sua disponibilização em linha. Assim, estão a ser preparados catálogos em linha que disponibilizarão informação sobre conjuntos de bens museológicos do Ecomuseu Municipal do Seixal, através da respectiva base de dados de acervo móvel. Disponibiliza-se igualmente o acesso à base bibliográfica e à base de imagens do Centro de Documentação e Informação.
Este projecto, co-financiado pela União Europeia, através do FEDER (Fundo Europeu de Desenvolvimento Regional), tem importantes repercussões na qualificação e no desenvolvimento do sistema de documentação e informação do Ecomuseu e do património concelhio.

Decorrendo quer os preparativos necessários à transferência de informação da anterior base de dados utilizada, quer o inventário e carregamento de novos dados, o EMS tem por objectivo disponibilizar em linha toda a informação disponível sobre o seu acervo inventariado.